DUS Tıbbi Biyokimya Konu Anlatımı

Karbonhidrat, lipit ve aminoasit metabolizması, hücrenin enerji üretimi ile yapı taşı gereksinimini aynı biyokimyasal ağ içinde birleştirir. Glukozun glikoliz, glikojen sentezi, glikojen yıkımı ve glukoneogenez arasındaki yön değişimi; yağ asitlerinin depolanma, lipoliz, beta oksidasyon, keton cismi üretimi ve lipoprotein taşınmasıyla ilişkisi; aminoasitlerin transaminasyon, azot uzaklaştırma, üre döngüsü ve karbon iskeletlerinin ortak ara ürünlere katılması birlikte okunur. Bu başlıkta güvenli düşünme, tek bir yolun basamaklarını ezberlemekten çok hangi dokunun hangi yakıtı kullandığını, açlık ve beslenme durumunun hormonlarla yolu nasıl çevirdiğini, acetyl CoA, oksaloasetat ve alfa ketoglutarat gibi ara ürünlerin yollar arasında nasıl kavşak oluşturduğunu anlamaktır.

Vitamin, mineral ve hormon biyokimyası, metabolizmanın yalnız yakıt ve enzimlerden oluşmadığını gösterir. Vitaminler normal hücre işlevi, büyüme ve gelişim için gereken organik düzenleyicilerdir; yağda çözünenler depolanma eğilimi taşırken suda çözünenlerin fazlası çoğunlukla idrarla atılır ve düzenli alım gerektirir. Mineraller kemik, diş, sinir, kas, kan, bağ dokusu, hormon ve enzim işlevlerinde yer alır. Hormonlar ise reseptör, ikinci haberci, gen anlatımı veya hücre içi protein etkileşimi üzerinden dokular arası haberleşmeyi kurar. Bu başlıkta doğru yorum, eksiklik ya da fazlalığı tedavi şeması gibi değil, biyokimyasal görev, çözünürlük, depolanma, taşıyıcı protein ve sinyal iletimi ilişkisi içinde okumaktır.

Proteinler, amino asitlerin bir ya da daha fazla polipeptit zinciri halinde bağlanmasıyla oluşur; bu zincirdeki amino asit dizisi proteinin birincil yapısını, yerel alfa heliks ve beta tabaka düzenleri ikincil yapısını, tek bir polipeptit alt biriminin tam üç boyutlu katlanması üçüncül yapısını, birden fazla alt birimin uzaysal düzeni ise dördüncül yapısını belirler. Enzimler çoğunlukla protein yapısında katalizörlerdir ve substratlarını aktif bölge adı verilen küçük bir oyukta bağlayarak geçiş durumunu stabilize eder, böylece aktivasyon enerjisini düşürür ve reaksiyonu fizyolojik hızlara taşır. Bazı enzimler apoenzim halinde etkisizdir; metal iyonu ya da organik bileşik niteliğindeki bir kofaktör bağlandığında holoenzim oluşur ve katalitik etkinlik ortaya çıkar. Enzim özgüllüğü aktif bölgedeki amino asitlerin konformasyonuna, substrat bağlanma modeli ise kilit-anahtar ya da indüklenmiş uyum yaklaşımıyla açıklanır. Reaksiyon hızı substrat derişimiyle artıp maksimum hıza yaklaşırken, inhibitörler aktif bölgeye, başka bir bölgeye ya da yalnız enzim-substrat kompleksine bağlanarak katalizi farklı biçimlerde azaltabilir.