Gastrointestinal sistem besini alır, mekanik ve kimyasal olarak parçalar, besinleri ve suyu emer, artık maddeleri uzaklaştırır. Myenterik pleksus motiliteyi, submukozal pleksus sekresyon ve yerel kan akımını ağırlıklı olarak düzenler; otonom sinir sistemi ve gastrin, CCK, sekretin, GIP ile motilin gibi sinyaller bu yerel kontrolü değiştirir.
Mide depolar, karıştırır, asit ve pepsinle protein sindirimini başlatır; paryetal hücre kaynaklı intrinsik faktör vitamin B12'nin terminal ileumdan emilmesi için gereklidir. Emilimin büyük bölümü ince bağırsakta, özellikle jejunumda gerçekleşir; terminal ileum safra asitleri ve intrinsik faktöre bağlı B12 için özelleşmiştir. Kolon su ve elektrolitleri geri kazanır, mikrobiyota sindirilmemiş karbonhidratları kısa zincirli yağ asitlerine fermente eder ve K vitamini metabolizmasına katkı sağlayabilir. “K12 vitamini” diye bir vitamin yoktur; kolondaki mikrobiyal B12 üretimi de besinsel B12 emiliminin temel yolu değildir.